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Recherche d’information clinomique dans le Dossier Patient Informatisé : modélisation, implantation et évaluation

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Les objectifs de cette thèse s’inscrivent dans la large problématique de recherche d’information dans les données issues du Dossier Patient Informatisé (DPI). Les aspects abordés dans cette problématique sont multiples : d’une part la mise en oeuvre d’une recherche d’information clinomique au sein du DPI et d’autre part la recherche d’information au sein de données non structurées issues du DPI. Dans un premier temps, l’un des objectifs de cette thèse est d’intégrer au sein du DPI des informations dépassant le cadre de la médecine pour intégrer des données, informations et connaissances provenant de la biologie moléculaire ; les données omiques, issues de la génomique, protéomique ou encore métabolomique. L’intégration de ce type de données permet d’améliorer les systèmes d’information en santé, leur interopérabilité ainsi que le traitement et l’exploitation des données à des fins cliniques. Un enjeu important est d’assurer l’intégration de données hétérogènes, grâce à des recherches sur les modèles conceptuels de données, sur les ontologies et serveurs terminologiques et sur les entrepôts sémantiques. L’intégration de ces données et leur interprétation selon un même modèle de données conceptuel sont un verrou important. Enfin, il est important d’intégrer recherche clinique et recherche fondamentale afin d’assurer une continuité des connaissances entre recherche et pratique clinique et afin d’appréhender la problématique de personnalisation des soins. Cette thèse aboutit ainsi à la conception et au développement d’un modèle générique des données omiques exploité dans une application prototype de recherche et visualisation dans les données omiques et cliniques d’un échantillon de 2 000 patients. Le second objectif de ma thèse est l’indexation multi terminologique de documents médicaux à travers le développement de l’outil Extracteur de Concepts Multi-Terminologique (ECMT). Il exploite les terminologies intégrées au portail terminologique Health Terminology/Ontology Portal (HeTOP) pour identifier des concepts dans des documents non structurés. Ainsi, à partir d’un document rédigé par un humain, et donc porteur potentiellement d’erreurs de frappe, d’orthographe ou de grammaire,l’enjeu est d’identifier des concepts et ainsi structurer l’information contenue dans le document. Pour la recherche d’information médicale, l’indexation présente un intérêt incontournable pour la recherche dans les documents non structurés, comme lescomptes-rendus de séjour ou d’examens. Cette thèse propose plusieurs méthodes et leur évaluation suivant deux axes : l’indexation de textes médicaux à l’aide de plusieurs terminologies et le traitement du langage naturel dans les textes médicaux narratifs.

Source: Chloé Cabot. Recherche d’information clinomique dans le Dossier Patient Informatisé : modélisation, implantation et évaluation. Traitement du texte et du document. Normandie Université, 2017.

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